Trama:
El juego empieza con Spider-Man buscando a Mary Jane en una Nueva York infestada de simbiontes. Durante un flashback a cuatro días antes, Spider-Man vuelve a contar su relato de cómo su encuentro con Venom terminó con un pedazo de simbionte pegándosele. Después de la pelea con Venom, una lastimada Mary Jane es enviada a un hospital y se reúne con Luke Cage durante una guerra de pandillas. Cage explica que las bandas Rolling Seven y Park Avenue están en guerra, y que su tarea es llevar a las dos a una tregua. Después de perseguir los dos líderes de las bandas por la ciudad, Spider-Man se las arregla para conseguir acordar una reunión pacífica en Central Park.
Fuera del punto de encuentro, Spider-Man descubre asesinos de alta tecnología en la parte superior de los edificios cercanos. Después de derrotarlos, los rastros de los asesinos le llevan hasta Kingpin. Después de algunos encuentros con la Gata Negra, Caballero Luna, Buitre, y la pandilla de Kingpin, Spider-Man y los secuaces de Kingpin son atacados por ciudadanos de Nueva York simbióticamente controlados. La policía llega pronto y Spider-Man es visto lanzando personas controladas desde un edificio y es considerado un asesino.
Wolverine, pensando que Spider-Man está poseído por un simbionte, le sigue la pista y se enfrenta al lanza redes. Después de una batalla, los dos resuelven sus diferencias y comienzan a rastrear a los ciudadanos infectados. Al final, Spider-Man encuentra a Venom tirando la gente en las vainas del simbionte, infectándolos. Después de que las vainas son destruidas, y la segunda pelea con Venom, S.H.I.E.L.D. pone en cuarentena a Nueva York y establece campamentos de cuarentena para ciudadanos controlados por simbiontes. Electro ataca uno de los campamentos buscando a su hermana, que está controlada por un simbionte, y se infecta a sí mismo tratando de ayudarla. Spider-Man decide que la única manera de salvar a Nueva York es sacando a Chapucero de la Isla Ryker para utilizar su genio científico para encontrar una contramedida a los simbiontes. Al llegar a la prisión, Spider-Man hace equipo con el Rhino, usando su fuerza para liberar a Chapucero. Chapucero luego diseña un dispositivo para ser instalado en el EdificioTrask que elimina los simbiontes de sus huéspedes, sin causar daños al huésped. Después de derrotar las versiones infectadas de Electro, Wolverine, Gata Negra, y el Buitre, Spider-Man activa el dispositivo y destruye todos los simbiontes en la ciudad de Nueva York, incluyendo el suyo propio. A continuación, responde a un ataque al Helitransporte de S.H.I.E.L.D., que está infestado por Venom y el resto de simbiontes.
Pidiendo a Caballero Luna que lo lleve al Helitransporte, Spider-Man pone bombas para destruir la nave, pero es atacado por una versión gigante de cinco cabezas de Venom. Spider-Man es capaz de destruir cuatro de las cabezas, y pide a Brock que trate de ayudar en la destrucción de los simbiontes. Al darse cuenta de la destrucción que ha causado por el simbionte de Venom, Brock se sacrifica. El monstruo simbionte se debilita, y el Helitransporte explota. Basado en las acciones del jugador durante el juego, "Web of Shadows" concluye con uno de cuatro posibles finales. Si el jugador ha hecho una mayoría de elecciones del traje rojo, Spider-Man narra su victoria en la parte superior de un edificio antes de irse trepando con Mary Jane. Si el jugador ha elegido más opciones de color rojo que negras, él llama a Mary Jane para tratar de disculparse por sus acciones durante la invasión. Si el jugador ha elegido más opciones negras que rojas, Spider-Man lleva la conquista de simbiontes de Manhattan y es cazado por Wolverine, que se ha unido con otro simbionte. Si el jugador ha elegido la mayoría de opciones negras, el final es El juego empieza con Spider-Man buscando a Mary Jane en una Nueva York infestada de simbiontes. Durante un flashback a cuatro días antes, Spider-Man vuelve a contar su relato de cómo su encuentro con Venom terminó con un pedazo de simbionte pegándosele. Después de la pelea con Venom, una lastimada Mary Jane es enviada a un hospital y se reúne con Luke Cage durante una guerra de pandillas. Cage explica que las bandas Rolling Seven y Park Avenue están en guerra, y que su tarea es llevar a las dos a una tregua. Después de perseguir los dos líderes de las bandas por la ciudad, Spider-Man se las arregla para conseguir acordar una reunión pacífica en Central Park.
Fuera del punto de encuentro, Spider-Man descubre asesinos de alta tecnología en la parte superior de los edificios cercanos. Después de derrotarlos, los rastros de los asesinos le llevan hasta Kingpin. Después de algunos encuentros con la Gata Negra, Caballero Luna, Buitre, y la pandilla de Kingpin, Spider-Man y los secuaces de Kingpin son atacados por ciudadanos de Nueva York simbióticamente controlados. La policía llega pronto y Spider-Man es visto lanzando personas controladas desde un edificio y es considerado un asesino.
Wolverine, pensando que Spider-Man está poseído por un simbionte, le sigue la pista y se enfrenta al lanza redes. Después de una batalla, los dos resuelven sus diferencias y comienzan a rastrear a los ciudadanos infectados. Al final, Spider-Man encuentra a Venom tirando la gente en las vainas del simbionte, infectándolos. Después de que las vainas son destruidas, y la segunda pelea con Venom, S.H.I.E.L.D. pone en cuarentena a Nueva York y establece campamentos de cuarentena para ciudadanos controlados por simbiontes. Electro ataca uno de los campamentos buscando a su hermana, que está controlada por un simbionte, y se infecta a sí mismo tratando de ayudarla. Spider-Man decide que la única manera de salvar a Nueva York es sacando a Chapucero de la Isla Ryker para utilizar su genio científico para encontrar una contramedida a los simbiontes. Al llegar a la prisión, Spider-Man hace equipo con el Rhino, usando su fuerza para liberar a Chapucero. Chapucero luego diseña un dispositivo para ser instalado en el EdificioTrask que elimina los simbiontes de sus huéspedes, sin causar daños al huésped. Después de derrotar las versiones infectadas de Electro, Wolverine, Gata Negra, y el Buitre, Spider-Man activa el dispositivo y destruye todos los simbiontes en la ciudad de Nueva York, incluyendo el suyo propio. A continuación, responde a un ataque al Helitransporte de S.H.I.E.L.D., que está infestado por Venom y el resto de simbiontes.
Pidiendo a Caballero Luna que lo lleve al Helitransporte, Spider-Man pone bombas para destruir la nave, pero es atacado por una versión gigante de cinco cabezas de Venom. Spider-Man es capaz de destruir cuatro de las cabezas, y pide a Brock que trate de ayudar en la destrucción de los simbiontes. Al darse cuenta de la destrucción que ha causado por el simbionte de Venom, Brock se sacrifica. El monstruo simbionte se debilita, y el Helitransporte explota. Basado en las acciones del jugador durante el juego, "Web of Shadows" concluye con uno de cuatro posibles finales. Si el jugador ha hecho una mayoría de elecciones del traje rojo, Spider-Man narra su victoria en la parte superior de un edificio antes de irse trepando con Mary Jane. Si el jugador ha elegido más opciones de color rojo que negras, él llama a Mary Jane para tratar de disculparse por sus acciones durante la invasión. Si el jugador ha elegido más opciones negras que rojas, Spider-Man lleva la conquista de simbiontes de Manhattan y es cazado por Wolverine, que se ha unido con otro simbionte. Si el jugador ha elegido la mayoría de opciones negras, el final es modificado para mostrar a una Gata Negra controlada por un simbionte a su lado durante la invasión. Modificado para mostrar a una Gata Negra controlada por un simbionte a su lado durante la invasión.
